Dit is bij een intact immuunsysteem nagenoeg onmogelijk, omdat transplantaten van een andere soort zo sterk verschillen van de eigen soort en de eigen lichaamseiwitten en hun aanhangende polysachariden dat een dergelijk transplantaat zeer snel door het afweersysteem van de gastheer zal worden aangevallen en vernietigd. Om te trachten dit probleem op te lossen worden minstens twee wegen bewandeld:

1. het geïmplanteerde materiaal wordt zodanig bewerkt dat het uit zo weinig mogelijk verschillende, en zo min mogelijk immunogene bestanddelen bestaat; een voorbeeld is de transplantatie van hartkleppen van varkens bij mensen, wat al jaren routinematig wordt gedaan. (Het transplantaat bestaat uit celvrij bindweefsel dat speciaal is behandeld)
2. Door genetische manipulatie van de donorsoort wordt getracht de belangrijkste immunogene lichaamsvreemde eiwitten van die soort te vervangen door menselijke, waardoor verwacht kan worden dat de afstotingsreacties minder hevig zullen worden. Tot praktische toepassingen is het tot op heden (2005) nog niet gekomen. Dit mede door ethische bezwaren en wetten die de ethiek van mens en dier trachten beschermen als het gaat om genetische manipulatie en dierproeven.