多くの動物、特に陸上動物を含む複雑な体を持つ動物では、体内環境と体外環境とを区別し、体外環境の影響によらず、体内を一定の状態に維持する恒常性をもっている。このため、体内と体外との物質のやり取りは管理・制限されており、栄養分の取り込みや、不要な老廃物の排除は、物質の自由な拡散で行うことができず、専用の物質交換システムが用いられている。この排出システムが泌尿器に当たる。泌尿器の役割は、体液（血液）から、老廃物などの不要な物質を濾過、選別し、高濃度に濃縮するなどして蓄積、適宜体外へ排出することである。この過程で通過する通り道の器官を尿路と呼ぶ。

泌尿器の定義と、診療科の泌尿器科の対象となる器官は異なっている。