وفى SEC يتم استخدام عامود (إسطوانة حديدية بقطر 10 مللى متر وبطول يصل 500 إلى 1000) محشوة بمادة مسامية (غالبا سيليكا أو بولى إستيرين متشابك) ويتم إجبار مذيب على المرور خلال العامود (بمعدل 1 مللى لكل دقيقة وبضغط من 50 إلى 200 بار). ويتم إذابة عينة في نفس المذيب الذي يتم ضخه خلال العامود ويتم دفع العينة المذابة في المذيب في تيار المذيب المدفوع خلال العامود. ويتم تحديد تركيز العينة الموجودة في نهاية العامود. وبداخل العامود, تفصل الجزيئات طبقا لحجمها الهيدروديناميكي (الحجم الذي تشغله الجزيئات في المحاليل المخففة). وبالنسبة للبوليمرات فإن هذا يمكن أن يتغير بشضدة طبقا لنوع المذيب ودرجة الحرارة. وبدراسة خواص البوليمر في مذيب معين وبمعايرة العامود ببوليمر معرفوزنه الجزيئي, فإنه من الممكن معرفة الوزن الجزيئي لعينة من البوليمر منسبة إلى العينة القياسية التي تم معايرة العامود بها. وباستخدام هذه البيانات يمكن حساب عدد متوسط الوزن الجزيئي, وزن متوسط الوزن الجزيئي, التشتت المتعدد, وأيضا ترتيب الأوزان الجزيئية العالية بمدى دقة مقبول.

بداخل العامود, يتم فصل الجزيئات بمدى استعدادها لمليء مسام المادة التي تم مليؤ العامود بها. وعند مليء الأعمدة فإنه يراعى ملئها بحبات مسامية لها حجم مسامي معين, حتى تكون دقيقة في فصل الجزيئات التي تسااوى حجم المسام. وعند انسياب جزيء خلال العامود, فإنه يمر بعدد من هذه الحبيبات المسامية. وعندما يكون حجم أحد هذه المسام مساوي لحجم الجزيء فإنه يسحب لمليء المسام عن طريق قوى الإنتشار. وتبقى لفترة ثم تتحرك مرة أخرى. ولو أن حجم الجزيء لا يساوى المسام فإنه يتبع إتجاه سريان المذيب. ولهذا السبب, فإنه في عامود GPC, الجزيئات التي لها حجم كبير ستصل أخر العامود قبل الجزيئات ذات الحجم الصغير. والمدى المؤثر للعامود يتم تحديده بحجم مسام المادة التي يتم مليء العامود بها. الجزيئات التي لا يطابق حجمها أيا من المسام الموجودة في العامود تصل معا لأخر العامود بغض النظر عن حجمها. وبالمثل, الجزيئات التي يمكن أن تمليء كل المسام في المادة الموجودة بالعامود ستصل معا.