En anatomie, un système de référence désigne la terminologie utilisée pour se repérer de façon précise dans la structure anatomique d'un organisme humain ou non. Un système de référence anatomique repose sur un ensemble de plans et d'axes définis par rapport à la position standard de l'organisme décrit. Par exemple, on utilise cette terminologie pour indiquer l'orientation des coupes ou des vues utilisées dans les schémas et images en médecine ou en biologie humaine à partir de la position de Poirier, c'est-à-dire lorsque le patient est debout face à l'observateur.