Une simulation de dynamique moléculaire consiste à simuler par le calcul informatique l'évolution d'un système de
particules au cours du temps. Ces
simulations servent de modèles structuraux et dynamiques pour la compréhension ou la prédiction de résultats expérimentaux. Dans la pratique, cela revient concrètement à simuler le mouvement d'un groupe d'atomes dans le temps.
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