Mikroorganismer, også kalt mikrober, er mikroskopiske organismer, det vil si selvstendige livsformer som man ikke kan se med det blotte øye. Dette er først og fremst én- og fåcellede organismer som bakterier, mykoplasmer, protozoer og flere sopp- og algearter, men også smittestoffer (som virus).

En mikroorganisme (mikrobe) er en organisme som er så lille, at den kun kan ses i et mikroskop.

Mikroorganismar også kalla mikrobar er små organismar som normalt berre er synleg i mikroskop. Mikrobar av ulike slag kan tåla store fysiokjemiske påkjenningar, slik som svært høgt trykk, temperaturar over 100 °C, pH 1–12 og saltkonsentrasjonar 0–30 %.