Maagzuur heeft een aantal functies:

• Breekt voedseldeeltjes af tot kleiner deeltjes
• Denatureert eiwit en nucleïnezuren
• Zet pepsinogeen om in pepsine, een enzym dat optimaal bij lage pH en eiwitketens afbreekt tot korte ketens of zelfs losse aminozuren
• Vernietigt bacteriën

De maagwand is beschermd tegen het zuur dankzij de slijmlaag, wat niet geldt voor andere lichaamsoppervlakken (zoals de slokdarm/oesophagus). Dit verklaart het branderige onprettige gevoel in de keel na overgeven en in geval van reflux, het terugkomen van de maaginhoud in de slokdarm.