W zależności od różnic, jakie występują pomiędzy izomerami, wyróżnia się następujące rodzaje izomerii:

• izomeria konfiguracyjna - występowanie dwóch lub więcej cząsteczek o tej samej liczbie i rodzaju atomów, między którymi występują dokładnie te same wiązania chemiczne, różniących się mimo to układem atomów w przestrzeni. Izomeria ta dzieli się dalej na:
  • izomeria geometryczna wynika z faktu różnego układu atomów i podstawników przy wiązaniach wielokrotnych lub w układach cyklicznych.
  • izomeria optyczna - ich istnienie jest związane z cechą związków chemicznych zwaną chiralnością. Izomery optyczne dzieli się z kolei na:
    • enancjomery - które są swoimi własnymi odbiciami lustrzanymi i zawsze występują parami
    • diastereoizomery - których natura powstawania wynika również z istnienia centr chiralności, ale które nie są swoim odbiciami lustrzanymi