Als Marker (deutsch "Markierung", auch Markergen oder molekularer Marker genannt) bezeichnet man in der
Molekularbiologie eindeutig indentifizierbare, kurze DNA-Abschnitte, deren Ort im Genom bekannt ist.Solche Markergene sind im Genom vorhanden s.u. Typen von Markern. Man kann aber auch Markergene gentechnisch einbauen. Sie werden so gewählt, dass man ihre Anwesenheit in einem Organismus leicht erkennen kann. Zum Beispiel werden Gene für
Fluoreszenz zusammen mit anderen, nicht so leicht erkennbaren Genen, einem
Mikroorganismus hinzugefügt. Diejenigen seiner Nachkommen, die die Gensequenz geerbt haben, erkennt man dann daran, dass sie fluoreszieren. Bei ihnen ist also die Wahrscheinlichkeit sehr groß, dass sie auch diejenigen Gene geerbt haben, die neben dem Markergen in der hinzugefügten Gensequenz sitzen.
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