Filogeneza (gr. φυλη - gatunek i γενεσις - pochodzenie) - droga rozwoju rodowego, pochodzenie i zmiany ewolucyjne grupy organizmów, zwykle gatunków. Jednym z zadań systematyki jest ustalenie relacji pokrewieństwa pomiędzy znanymi organizmami, zarówno współczesnymi jak i wymarłymi, czyli ich filogenezy. Dział biologii zajmujący się badaniem filogenezy organizmów to filogenetyka.