A célula elimina organelos envelhecidos utilizando este mesmo mecanismo, que inclui a formação de vesículas com o auxílio do Retículo Endoplasmático Liso: o organelo obsoleto é envolto numa membrana derivada desse mesmo retículo formando-se o chamado autofagossomo.

De seguida, o autofagossomo, seguindo o mesmo caminho dos fagossomos, funde-se com um endossoma secundário, recebendo enzimas hidrolíticas do complexo de Golgi. É, deste modo, transformado em fagolisossomo. O processo culmina com a degradação do organelo pela acção das enzimas.