古細菌（こさいきん）は原核生物に含まれる一群の生物であり、系統的には真核生物、真正細菌とともに生物界を三分するドメインの一をなす。Carl R. Woeseが1977年に提唱した。高度好塩菌、好熱古細菌、メタン菌(メタン生成古細菌)など、太古の地球環境に類似していると想像される環境に生育する種があることから始原菌（しげんきん）と呼ぶ場合もある。逆に、分子生物学的な解析によると真正細菌よりも真核生物に近いことから、後生細菌（こうせいさいきん）と呼ばれることもある。最初の生命(コモノート)が古細菌と真正細菌のいずれに近い存在であったのかは、まだはっきりと判っていない。
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