W zależności od położenia grupy aminowej, można wyróżnić α, β, γ, δ i ε-aminokwasy, gdzie litera grecka określa odległość pomiędzy grupą aminową, a karboksylową. W α-aminokwasach obie te  grupy funkcyjne przyłączone są do tego samego atomu węgla.

Ze względu na liczbę grup aminowych i karboksylowych wyróżnia się aminokwasy:

• obojętne - gdy jest tyle samo (zwykle po jednej) grup aminowych i karboksylowych
• kwasowe - gdy przeważa liczba grup karboksylowych
• zasadowe - gdy przeważa liczba grup aminowych