Zatoka San Francisco - płytkie, rozległe estuarium uchodzące przez przesmyk zwany Złotą Bramą (Golden Gate) do Pacyfiku. Zatokę otaczają miasta San Francisco, Oakland i San José oraz szereg mniejszych miejscowości tworzących aglomerację San Francisco. Zlewisko zatoki obejmuje około 40% Kalifornii w USA. Rzeka Sacramento i San Joaquin, wypływające z gór Sierra Nevada, wpadają do Zatoki Suisun, przepływają przez Cieśninę Carquinez i razem z rzeką Napa uchodzą do Zatoki San Pablo. Łączy się ona na południu z Zatoką San Francisco, którą to nazwą obejmuje się często cały ten system zatok o łącznej powierzchni 4 200 km². Główna część zatoki ma od 5 do 20 km ze wschodu na zachód i od 77 do 100 km, w zależności od źródła, z północy na południe.