Yokohama FC är ett fotbollslag från Yokohama, Kanagawa, Japan.
Laget skapades 1998 då de tidigare lagen Yokohama Flügels och Yokohama Marinos gick ihop för att bilda Yokohama F. Marinos. Supportrarna för Yokohama Flügels tyckte inte om att de nu behövde heja på sina tidigare rivaler, så de startade ett nytt lag istället, Yokohama FC, och blev det första japanska laget att vara ägt och drivet av dess supportrar.
Laget blev tvunget att spela sina två första år i amatörligan JFL, men efter att ha vunnit båda säsongerna fick de 2001 flytta upp till proffsligan J-League. Efter 6 säsonger i J2 lyckades de vinna ligan 2006 och bli uppflyttad till den högsta divisionen J1 för första gången.
Yokohama FC är känt för att vara en fattig klubb. Spelarna i laget gör mycket själva, som t. ex. att bära målburar och tvätta sina tröjor.
Inför säsongen 2007 skapade Yokohama FC rubriker med att presentera två spelarövergångar från lokalkonkurrenten Yokohama F. Marinos. Daisuke Oku och den före detta landslagsspelaren Tatsuhiko Kubo gick efter bråk med sin klubb över till Yokohama FC istället.