Il 23 settembre 2007 è stato eletto presidente del Partito Liberal Democratico, succedendo all'ex premier Shinzo Abe, che si era dimesso il 12 settembre. In virtù dell'elezione alla carica più alta del partito di maggioranza alla Camera dei Rappresentanti del Giappone, Fukuda è stato nominato 91mo Primo Ministro, dopo l'incontro con l'imperatore Akihito che gli ha affidato l'incarico il 26 settembre.