L'alta sezione del fiume attraversa la regione montuosa e turistica Weserbergland. Il esito del valle si chiama Porta Westfalica. Là il fiume entra nella pianura del nord del paese dove la mezza sezione scorre canalizzato e sfruttato come via di trasporto e come fonte di energia idroelettrica. Nelli ultimi 90 chilometri fino alla foce marittima attraversa le città portuali de Brema, Nordenham e Bremerhaven. Eccetto di stessi centri industrializzati la reggione è rurale con popolazione rada. La pianura è charatterizzata per terreni umidi bonificati e morene sabbiose coperte de una mistura de boschi e campi. La bassa sezione del Weser fra Brema e la mare ha correnti alternanti a causa di alta e bassa marea. I principali affluenti del Weser e del Werra sono:

• Riva sinistra
  • Ulster, nel Werra
  • Fulda, con l'Eder
  • Diemel
  • Große Aue
  • Hunte
• Riva destra
  • Nesse, nel Werra
  • Aller, col Leine
  • Lesum, nato dall'unione de Hamme e Wümme