Wagenborgen heeft een lange historie, al in de Romeinse tijd was de wierde een toevlucht voor boeren uit de omgeving, wanneer het wassende water hun onderkomens bedreigde. De naam Wagenborgen wordt reeds genoemd in een kerspellijst van het bisdom Munster waartoe het plaatsje behoorde. De kerspellijst dateert waarschijnlijk uit de vijftiende eeuw, al is het mogelijk dat de lijst ouder is. Wagenborgen wordt genoemd als 'Wenbergum' en moest een bedrag van 4 schilling aan belasting betalen, hetgeen een relatief klein bedrag is ten opzichte van de andere kerspelen en dat vermoedelijk iets zegt over de grootte van de kerspel. Wagenborgen komt ook voor in een dijkbrief van het Oldambt uit 1441, waar het 'Wagenborghe' wordt genoemd. De etymologie van de plaatsnaam wordt betwist. In elk geval is de suffix -um, wat inhoudt dat de plaats in de buurt of in de bocht van een rivier of stromend water lag. Een andere uitleg is dat wanneer men gewaagd werd, men zich hier kon bergen. Gedurende de Middeleeuwen heeft het water van de Eems-Dollard vele dorpen verzwolgen, zo kwam het water ook tot aan Wagenborgen. In de eeuwen daarna is Wagenborgen weer uitgegroeid tot een dorpskern van 2000 inwoners. Van 1910 tot 1934 heeft Wagenborgen een station gehad op het door de NOLS aangelegde traject Delfzijl - Zuidbroek, maar het bekendste is Wagenborgen geworden door Groot Bronswijk. Dit psychiatrisch ziekenhuis is in 1873 gesticht door Jan, Wolter en Trijntje Brons en gesloten in 2004, waarbij de diensten zijn overgenomen door GGZ Groningen. De wieg van de Bronsmotor lag ook in Wagenborgen. De oprichter van de "Appingedammer Bronsmotorenfabriek" Jan Brons is geboren in Wagenborgen, tevens is Jan Brons de ontwerper van de NH kerk welke in 1883 werd gebouwd.