Karierę naukową rozpoczął jako profesor prawa w Lipsku, zwolniony jako demokrata w roku 1850, został 1852 profesorem prawa rzymskiego w Zurychu, później prof. historii starożytnej w Berlinie. W latach (1873—1882) wystąpił w parlamencie jako przeciwnik Bismarcka. Objął kierownictwo „Corpus inscriptionum latinarum” i redakcję części „Monumenta Germaniae historica”, („Auctores antiquissimi”). Theodor Mommsen jest laureatem Nagrody Nobla w dziedzinie literatury za rok 1902.