Ein Alignment (englisch: Abgleich, Anordnung, Ausrichtung), im Deutschen oft auch Alinierung genannt, dient dem Vergleich zweier oder mehrerer Strings (technischer Begriff für Zeichenfolge, Sequenz) und wird besonders häufig in der Bioinformatik und der molekularen Phylogenie verwendet, um die funktionelle oder evolutionäre Verwandtschaft (Homologie) von Nukleotidsequenzen- oder Aminosäuresequenzen zu untersuchen. Sequenzalignments sind ein Teilgebiet des Pattern Matchings.
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