Die Sekundärstruktur von Biopolymeren wie Proteinen, Nukleinsäuren und Polysacchariden beschreibt die relative Anordnung ihrer monomeren Bausteine. Sie ist bestimmt durch die von Wasserstoffbrücken zwischen einzelnen Elementen definierte Topologie, sowie durch die Primärstruktur. Manchmal – etwa bei Polysacchariden – spielt auch die Form der Polymerisierung eine Rolle.

Sekundärstruktur (2°-struktur) i proteiner uppstår genom inter- eller intramolekylära vätebindningar mellan karboxylgruppens dubbelbundna syre och amingruppens fria väte. De vanligast förekommande sekundärstrukturerna är alfa-helix, betaflak och 3₁₀-helix (pi-helix finns i teorin men har ännu inte observerats).