Oprindelig formodedes det, at regnen var blevet farvet af nedfald fra en hypotetisk meteor, men den indiske regering nedsatte et undersøgelse, der fandt at regnen var blevet farvet af lokale algesporer. Pludselig i det tidlige 2006, fik Kerala's farvede regn verdensomspændende opmærksomhed efter medierapporter om formodningen om at de farvede partikler i regnvandet var ikke-jordiske celler fremført af Godfrey Louis og Santhosh Kumar fra Mahatma Gandhi University i Kottayam.