Anakin wint de race, en is dus vrij. Hij neemt afscheid van zijn moeder
Shmi Skywalker en gaat met Qui Gon mee om getraind te worden als jedi. Ze gaan met de Nubian Cruiser van Amidala verder naar
Coruscant waar Amidala probeert de
Galactic Senate van de Old Republic zover te krijgen dat ze haar steunen in haar strijd tegen de Trade Federation. Deze missie slaagt niet. Ondertussen leidt Qui Gon Anakin voor de
Jedi Council . De leider van de Council,
Yoda , besluit echter om niet zijn goedkeuring te geven aan Qui Gons wens om Anakin op te leiden. Dit omdat hij veel angst voelt in Anakin. Qui Gon besluit dit naast zich neer te leggen en Anakin dan als padawan aan te nemen. Als Yoda hem er op wijst dat hij slechts 1 padawan mag hebben, en dat Obi Wan nog niet een volleerd jedi is, zegt Qui Gon dat Obi Wan klaar is voor de test, en dat hij geen meester meer nodig heeft. Yoda legt zich bij de beslissing van de eigenwijze Qui Gon neer.
Amidala besluit terug te gaan naar haar volk, en Qui Gon en Obi Wan gaan met haar mee. Ook Anakin gaat mee. Eenmaal terug op de planeet
Naboo weet Amidala met de hulp van Jar Jar een verbond te sluiten met de leider van de Gungans,
Boss Nass. In de daarop volgende strijd van de
Gungan Grand Army en de Naboo verzets-strijders tegen het Battle Droid Army van de Neimoidians, vergezelt Qui Gon Amidala op een commando missie naar het paleis in Theed om Nute Gunray, de
Vice Roy van de Neimoidians, gevangen te nemen. Tijdens die missie komen ze
Darth Maul, de leerling van Darth Sidious tegen. Qui Gon en Obi Wan gaan de strijd met hem aan. Darth Maul weet Qui gon te doden, maar diens leerling, Obi Wan weet vlak daarna de dood van zijn meester te wreken.