Phytotomie oder Pflanzenanatomie ist die Wissenschaft der Gestalt von Pflanzen, neben der Zootomie (Tiere) und Anthropotomie (Menschen) ein Bereich der Anatomie. Die Beschreibung der äußeren Struktur von Pflanzen wird allerdings oft als Morphologie bezeichnet, was den Begriff der Phytotomie oft auf die Beschreibung der inneren Struktur der Pflanzen beschränkt. Die Morphologie dient oft der Erkennung und Einordnung der Pflanzen, wobei die Erforschung der Pflanzenanatomie heute oft auf zellulärer Ebene stattfindet.