Po śmierci ojca w 838 r. Pepin II został okrzyknięty przez możnych królem Akwitanii. Cesarz Ludwik pozbawił jednak 15-letniego Pepina jego królestwa i przekazał je swojemu najmłodszemu synowi Karolowi Łysemu. Akwitańczycy nie uznali jednak władzy Karola i pozostali wierni Pepinowi. Kiedy cesarz Ludwik zażądał, aby wysłali Pepina na dwór cesarski do Akwizgranu, celem edukacji młodego króla, Akwitańczycy odmówili. Do 841 r. Pepin miał pełną władzę nad Akwitanią. Później jednak wmieszał się w wojnę domową, jaka rozgorzała po śmierci Ludwika w 840 r. między jego synami - najstarszym Lotarem a młodszymi Ludwikiem i Karolem. Pepin opowiedział się po stronie Lotara i w 841 r. ruszył na czele swych wojsk na pomoc Lotarowi. Brał udział w bitwie pod Fontenay. Pepin zmierzył się tam z siłami Karola Łysego i pokonał je, jednak wojska Lotara przegrały starcie z siłami Ludwika i cała bitwa została przegrana. Pepin powrócił do Akwitanii i kontynuował wojnę z Karolem Łysym, królem Zachodnich Franków.