Fischer blev kadet i 1753 og blev efter 72 års tjeneste i flåden viceadmiral i 1825. Han reddede i 1799 sit skib og sin besætning i en storm ved Kapstaden. Hans livs største opgave blev forsvaret af København i 1801. Han kom selv til skade under slaget, men førte alligevel de danske styrker dygtigt under de svære vilkår. Han fik efterfølgende kun mindre opgaver.