В лингвистической литературе были неизвестны до XIX века. Ранее языки назывались «кафирскими», поскольку регион Нуристан ранее назывался Кафиристан («страна неверных»).

Согласно представлениям середины ХХ в., нуристанские языки являются либо самостоятельной группой в составе индоарийских языков, либо являются по происхождению иранскими, но испытавшими сильное влияние дардских языков. Однако в настоящее время среди лингвистов преобладает другая точка зрения: нуристанские языки раньше других откололись от индоиранских языков, и кажущееся сходство на уровне лексики было вызвано позднейшими контактами и заимствованиями (см. напр.: Эдельман Д. А. Ещё раз об этапах филиации арийской языковой общности / Вопросы языкознания, 1992, № 3).