Em 1028, o Papa João XIX aprovou a transferência do Bispado de Zeitz para Naumburg. Até a Reforma (até 1568), Naumburg foi a sede dos bispos. Tornou-se cidade em 1144. Naumburg era um importante centro de comércio na Via Regia, na Idade Média. A ascensão de Leipzig como centro de feiras de comércio a partir de 1500 e a Guerra dos Trinta Anos, fez com que a economia da cidade fosse afetada negativamente.