Ejerció de profesor de geología en la Academia de Lausana. También fue conservador del Museo Arqueológico de Berna.

En el invierno de 1853-1854 descendió el nivel del lago de Lausana y quedaron expuestos restos de construcciones en forma de palafito, y Morlot asumió los trabajos de recuperación, señalando cómo mediante la geología se podía reconstruir el pasado de la humanidad.