Cresciuto come un "bastardo" e indurito dalla povertà, il giovane Giovanni divenne un capo carismatico, grandemente riverito dai suoi seguaci. Secondo la sua testimonianza, si recò nella città tedesca di Münster, arrivandovi nel 1533, perché aveva sentito che vi si trovavano dei predicatori ispirati. Fece arrivare a Munster Jan Matthys, dal quale era stato battezzato. Dopo il suo arrivo Matthys - riconosciuto come profeta - divenne il principale leader della città. La domenica di pasqua del 1534, a seguito di un fallito tentativo militare durante l'assedio della città, nel quale Matthys perse la vita, Giovanni di Leida divenne Re di Münster fino alla sua caduta, nel giugno 1535. Giovanni instaurò a Munster una teocrazia e guidò uno stato comunitario e poligamo. Alcune fonti riportano che Giovanni di Leida prese sedici mogli. Egli decapitò in pubblico una di queste dopo che la donna si era ribellata alla sua autorità.