Jako syn nieustannie podróżującego prawnika od najmłodszych lat przywykł do częstych zmian miejsca pobytu. Za młodu bynajmniej nie był wzorem grzecznego chłopczyka: usunięto go niegdyś nawet ze szkoły - za wybicie pewnego razu 17 okien. Niemniej w 1930 roku pomyślnie zdał egzaminy do Francuskiej Akademii Marynarki École Navale w Breście, gdzie uzyskał stopień oficera artylerii; równocześnie kończył szkołę lotniczą, jednakże groźny wypadek, który mu się przydarzył w roku 1936, przekreślił marzenia o karierze pilota. Cousteau zwrócił się wówczas wyłącznie ku morzu; opisał to w roku 1953 w swojej bestsellerowej książce Milczący świat (5 mln egzemplarzy w 20 językach).