For the food brand of the same name, see Liebig's Extract of Meat Company and Premier Foods.

Miasto zostało założone w 1853 jako port rzeczny, który mógł przyjmować większe statki niż już istniejący port w Gualeguaychú. Oficjalnie miasto zostało założone 16 kwietnia 1859 jako Independencia.

Fray Bentos swój rozwój zawdzięcza w największej mierze portowi rzecznemu. Poza tym rozwinął się również przemysł oparty o przetwórstwo rolno-spożywcze (przemysł mięsny, skórzany, wełniany). W 2005 podjęcie decyzji o budowie zakładu produkcji celulozu przez fińską firmę Botnia wywołało sprzeciwy Argentyńczyków. Sprawa ta wywołała kryzys dyplomatyczny między obu krajami. Fińska firma zmuszona została w marcu 2006 do zatrzymania inwestycji o wartości około 1 mld dolarów, która miała stworzyć 8 tys. miejsc pracy.