W 1967 rodzina Balzary wyjechała do USA i zamieszkała w Nowym Jorku. Po rozwodzie rodziców w 1972, wychowująca go samotnie matka przeprowadziła się z nim do Los Angeles. Flea rozpoczął swoją przygodę z muzyką w szkole średniej. Grywał na trąbce w szkolnym zespole, został nawet przyjęty do Juilliard School of Music. Flea nie przejawiał z początku zainteresowań rock and rollem i zamierzał zostać muzykiem jazzowym, podobnie jak jego ojciec. Zmienił zdanie, zapoznawszy się dzięki Hillelowi Slovakowi (późniejszemu gitarzyście Red Hot Chili Peppers) z twórczością takich zespołów jak KISS oraz Led Zeppelin. Hillel Slovak wprowadził również Michaela w tajniki gry na gitarze basowej, będąc jego pierwszym nauczycielem gry na tym instrumencie.