Als Eukaryoten oder Eukaryonten (Eucaryota; von altgriechisch   „gut“, „echt“ und „Nuss“, „Kern“) werden alle Lebewesen mit Zellkern und Zellmembran zusammengefasst. Zusätzlich haben Eukaryoten mehrere Chromosomen, was sie von Prokaryoten unterscheidet. Eukaryoten entwickeln sich immer aus zellkernhaltigen Ausgangszellen (Zygoten, Sporen). Alle anderen zellulären Lebewesen, die keinen echten Zellkern besitzen, Archaeen (Archaea) und Bakterien (Bacteria), darunter die Cyanobakterien (Cyanobacteria), werden als Prokaryoten bezeichnet.

Men heeft in 1937 de levende natuur in twee typen organismen (domeinen) ingedeeld, de eukaryoten en de prokaryoten. Sind de jaren 1990 heeft het systeem van Carl Woese in de wetenschappelijke wereld dit systeem verdrongen. Hierdoor zijn er nu twee systemen van classificatie in omloop: een wetenschappelijke en een die op de middelbare scholen en andere niet-wetenschappelijke instellingen wordt gebruikt. De wetenschappelijke classificatie is gebaseerd op een vergelijking tussen soorten van DNA, RNA en andere moleculen en geeft een beter beeld van evolutionaire verwantschap. Op sommige middelbare scholen worden nu beide onderwezen. Vanuit een oogpunt van uniformiteit wordt het gebruik van de wetenschappelijke classificatie aanbevolen.