Aguinaldo pochodził z mieszanego małżeństwa, jego ojciec był Chińczykiem a matka była Filipinką. Ukończył Uniwersytet Santo Tomás w Manili. W sierpniu 1896 r. został przywódcą tajnego stowarzyszenia Katipunan (był jednocześnie burmistrzem miasta Cavite Viejo), które prowadziło bezskuteczna walkę z Hiszpanami. W grudniu 1897 r. został sygnatariuszem porozumienia z hiszpańskim gubernatorem generalnym, nazwanego "Paktem Biac-na-Bató". Zgodził się wtedy na opuszczenie Filipin i udanie się na wieczne wygnanie w zamian za wsparcie finansowe i obietnice liberalnych reform w kraju. Podczas pobytu w Hongkongu i w Singapurze spotkał się z amerykańskimi konsulami w tych miastach oraz z komandorem George'em Deweyem wtedy też uzgodnił z nimi swój powrót na Filipiny i pomoc dla Amerykanów w ich wojnie z Hiszpanią.