W wyniku rebelii obalił w 1979 dyktatora tego kraju Anastasio Somoza Debayle i sam został prezydentem, pełniąc swój urząd od 1985 do 1990. Inicjator radykalnych pomysłów jak konfiskata majątków ziemskich oraz nacjonalizacja przemysłu. Nie cieszył się poparciem USA. Już w 1981 prezydent USA Ronald Reagan potępił Ortegę i FSLN za wpieranie marksizmu i upoważnił CIA do finansowania opozycyjnej armii tzw.contras. Wspieranie militarnie i finansowo przez USA grup contras do walk z rządem, spowodowało krwawą wojnę domową, w której zginęło około 30 tysięcy Nikaraguańczyków. W wyborach prezydenckich z 1990 Ortega został pokonany przez  Violetę Barrios de Chamorro, ale pozostał ważną postacią nikaraguańskiej polityki i po dwóch kolejnych porażkach wyborczych w latach 1996 i 2001 udało mu się wygrać w 2006 i ponownie został prezydentem Nikaragui.