O título de conde de Vila Flor foi instituído por Afonso VI de Portugal, pela Carta-régia de 23 de Julho de 1661, em favor D. Sancho Manuel de Vilhena e dos seus descendentes.D. Sancho Manuel servira como general na Guerra da Restauração, tendo sido vencedor da batalha do Ameixial, tendo-se destacado ainda na defesa de Évora e nas batalhas de Linhas de Elvas e de Montes Claros. Foi nomeado Vice-Rei do Brasil, governador da Torre de Belém, e governador de armas (equivalente ao posteriormente criado posto de Marechal) da Beira e do Alentejo. Foi Senhor de Vila Flor do Alentejo e Alcaide-Mor de Alegrete.
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