Als Zilie oder Cilium (lat., n.; auch Kinozilie, Flimmerhärchen, Wimper) bezeichnet man 5-10 µm lange und 250 nm dicke Zytoplasmafortsätze von eukaryotischen Zellen. Sie sind feine bewegliche Zellfortsätze, die Differenzierungen der Oberfläche von Epithelzellen sind.Zilien kommen bei allen Tieren unabhängig von ihrer Komplexität vor. Bei Nematoden und Arthropoden werden nur unbewegliche Zilien in einigen Nervenzellen gefunden. In Pflanzen sind Zilien selten. Protozoen (Ciliaten) besitzen nur bewegliche (motile) Zilien.
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