Miasto to stało się w końcu XX w. symbolem waśni religijnych i niszczenia historycznego dziedzictwa kulturowego z pobudek religijnych.

W grudniu 1992 r. działacze hinduistyczni, zwani Kar Sevaks, zniszczyli kompletnie XVI-wieczny meczet Babri Masjid, pod pretekstem odsłonięcia pozostałości świątyni hinduistycznej Ram Janmabhoomi, zbudowanej jakoby w miejscu urodzin boga Ramy, wcielenia Wisznu, która miała być podobno w przeszłości zniszczona, aby dać miejsce pod budowę meczetu. Wynikłe z tego incydentu zamieszki religijne, które objęły nie tylko samą Ayodhyę, ale także inne miasta Indii, trwały dwa miesiące (grudzień 1992 – styczeń 1993) i spowodowały śmierć kilku tysięcy osób.