Aitolien och Akarnanien (grekiska: Αιτωλοακαρνανία) är en grekisk prefektur i distriktet Västra Grekland. Prefekturen har 223 188 invånare (2005) och huvudstaden är Messolonghi. Den totala ytan är 5 460 km², vilket gör prefekturen till den största till ytan i landet. Prefekturen utgörs av de historiska landskapen Aitolien och Akarnanien.