정교회는 1세기에까지 거슬러 올라가는 역사를 가지고 있다. “로마 가톨릭(서방 교회)으로부터 동방정교회(동방 교회)가 분리되었다.”라는 일반적인 인식은 사실과 크게 다른 것이다. 로마 교황이 동방 교회에 대해서도 서방 교회를 대하는 것과 같이 막강한 권한을 행사했던 적은 없었기 때문이다(그러나 교황의 명예상 수위권은 인정한다). 동방정교회도 로마 가톨릭도 둘 다 자신을 사도 계승권을 가진 정통 교회라고 자인하고 있다. 즉, 사도로부터 이어온 권위를 갖고 있다고 보는 것이다.

동방정교회는 8세기부터 11세기에 걸쳐 로마 가톨릭과의 갈등이 빚어져 11세기 무렵에 동·서로 교회가 분열되었다(교회의 대분열)고 여겨지지만, 1054년의 케롤라리오스 사건 때문에 동·서 교회가 서로 파문한 것으로 완전히 분열되었다고는 볼 수 없으며, 그 후로도 동·서 교회의 교류는 계속 되고 있었다. 더욱 확정적인 분열의 계기가 된 것은 1204년의 제4차 십자군 원정 때이며, 이 때문에 생긴 정교도들의 반(反)로마 가톨릭 감정과 거기에 따른 동·서 교회의 결별이 결정적이 되었다.