種子は、一見何も構造がなくて単純な形なのに、そこから巨大な樹木すらもが発生してくることから、「災いの種」という風に、物事の何気ない始まりを種子や種という言葉であらわす場合がある。また、農業上繁殖に用いられるものも、厳密には種子でなくとも、種もみ・種いも・種馬などと呼ばれる。

種子はめしべにある胚珠から発達する。被子植物の場合、種子は子房につつまれていて、これがのちに果実となる。裸子植物の場合は、めしべの表面に乗っている。