אלטרנטיבה, אפשרות להגדיר/לבנות רכיב מסוים במערכת (או אוסף רכיבים, או המערכת כולה) בדרך אחרת. בעיקרון, כל חלופה היא וריאציה שונה של עץ המערכת, כולו או חלקו. באופן מעשי, תיאור (תיעוד) חלופה הוא פונקציה של "היקפה" ומידת השוני בינה ובין החלופה הבסיסית. לפיכך, חלופה עשויה להיות מתועדת ע"י עץ מערכת מלא משלה, או ע"י עץ חלקי המציין רק את השינויים לעומת העץ הבסיסי (החלופה המרכזית), או ע"י הדגשת הנקודות הפתוחות (רכיבי x.98) בעץ הבסיסי. המקרה הראשון יתועד כמסמך נפרד כתיק מערכת חלופי, השני בנספח (ניתוח חלופות) המצורף לתיק המערכת המתאר את החלופה המרכזית והשלישי ישובץ באופן אינטגרטיבי בתיק המערכת ברכיבים המתאימים.