La primera mención documentada de la ciudad data del año 973, cuando Otón II regaló el lugar al obismo Abraham von Freising. Loka quiere decir ladera o vega en esloveno, de ahí que la traducción aproximada en castellano sea la "vega obispal". Situada estratégicamene en la confluencia del río Selska y Poljanska Sora, recibió el estatus de ciudad tras ser elevada a centro administrativo por el obispado de Freising. La muralla, con sus cinco torres, data del siglo XIV. Más allá de los numerosos incendios, epidemias de peste, guerras y otras catástrofes, el terremoto de 1511 fue particularmente destructivo, pues destruyó casi totalmente la ciudad. Un obispo llamado Felipe la reconstruyó rápidamente dándole la forma que actualmente conserva. Los obispos siguieron siendo los dueños de Škofja Loka hasta 1803, cuando pasó a manos austríacas. Con el tiempo ciudad fue especializándose en fabricación de mantas y de suelos de madera.