Den nøjagtige dato for opførelsen af klosteret er noget usikker, men det antages at være opført omkring år 1160-1175 af biskop Tyge fra Børglum Kloster (1145-1177) og skænket til nonnerne fra benediktinerordenen.

I forbindelse med Økloster blev der også bygget en klosterkirke, der udgør den nordlige del af klosteret, samt et kapel som blev indviet til Skt. Laurentius. Kapellet blev efter tilladelse fra kong Frederik 2. revet ned i år 1562. Det ophørte som kloster efter reformationen i  1536, hvor kronen overtog Økloster, og fra 1573 kom det i privat eje. Fra denne tid og til i dag har Økloster været privatejet.